El actual templo de Santa María de Lekeitio, sustituyó a otro anterior, posiblemente románico, consagrado en el año 1287. El actual es de estilo gótico tardío del País Vasco, estilo que se aprecia en la ordenación en planta, formulación del triforio y planteamiento de la fachada. Este templo se elevó a lo largo del s. XV, en varias fases.
Desde entonces, fue objeto de varias transformaciones, hasta la gran reforma que se le hizo en los años 80 del siglo XIX, reforma a la cual debe su aspecto actual y que fue costeada por Pascual Abaroa. A través de esta reforma se dotó al edificio de una nueva sacristía, girola y un gran pórtico lateral, todo en estilo gótico, observándose una gran sensibilidad hacia lo construido. Después de esa ampliación, se consiguió de la Santa Sede el título de basílica. El campanario, que también tiene una larga historia constructiva, es de estilo barroco y sustituyó a otro de estilo clasicista, con forma de aguja.
En cuanto al contenido mueble de esta iglesia, destaca sin lugar a dudas el retablo del altar mayor. Este retablo, gótico-flamenco de principios del s. XVI, ha sido recientemente restaurado. Por sus dimensiones y su policromía es el más importante de Bizkaia y uno de los más importantes de la península; sólo lo superan en tamaño los de las catedrales de Sevilla y Toledo.
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